مرکز تحقیقات گیاهان دارویی در سال ۱۳۸۶ با هدف توسعه و به‌کار­گیری دانش در زمینه گیاهان دارویی، انجام پژوهش های بنیادین، اپیدمیولوژیک و بالینی، استاندارد­سازی و تعیین مواد مؤثره گیاهی، تربیت نیروی انسانی پژوهشگر و توسعه همکاری‌­های علمی آغاز به کار نموده است و از سال ۱۳۹۵ به عنوان زیر­مجموعه پژوهشکده علوم پایه سلامت معرفی گردید. این مرکز با توجه به تنوع اقلیمی استان چهار­محال و بختیاری و ظرفیت بالای رویش گیاهان دارویی، امکان انجام پژوهش‌­های اثرگذار و محصول‌محور را دارا می‌باشد. زمینه­ های اصلی تحقیقاتی این مرکز شامل بررسی اثرات فارماکولوژیک و درمانی گیاهان دارویی در مدل ­های حیوانی و بالینی متعدد، اثرات تراتوژنیک و سمی گیاهان، استاندارد­سازی و تعیین مواد موثره گیاهی و مطالعات فیتوشیمی، جدا­سازی و تعیین ساختار­های مولکولی گیاهان می­ باشد که با توجه به فعالیت­های تحقیقاتی گسترده این مرکز و همچنین تجهیزات آزمایشگاهی موجود، آماده ارائه همکاری با مرکز رشد فناوری و سلامت در زمینه­ های خدمات آزمایشگاهی، کارگاهی و مشاوره ­ای می­ باشد. بدینوسیله امکان شکل­ گیری شرکت­ ها را در دوره­ های پیش رشد فراهم می­ نماید.